LaTeXの数式で転置行列を表記する方法について、いろいろなやり方があるようなので、綺麗な書き方についてまとめてみました。
右上にTを記述する表記方法（例: $A^\top$）
私がよく論文を書く分野では、この表記方法が一般的です。$A^\top$のように右上に大文字のTを記述します。書き方は以下のようにさまざまあり、微妙に結果が違います。表記によっては\usepackage{amsmath,amssymb}が必要です。
\usepackage{amsmath,amssymb}
A^\top
A^\intercal
A^T
A^mathrm{T}上記の4種類の書き方をすると、それぞれ以下のように微妙に違う結果になります。
個人的には一つ目のA^\topや、四つ目のA^mathrm{T}の書き方が好みです。
左上にtを記述する表記方法（例: ${}^t\!A$）
分野によっては、左上に小文字や大文字のTを入れる表記もあります。その場合は、以下のように記述すると良いようです。
{}^t\!A結果は以下のようになります。
さまざまな表記方法があるので、自分なりに書き方を決めて統一しておくと良いでしょう。